ターンの流れ
『デュエル・マスターズ』では、自分のターンは『ドローフェイズ』『マナチャージフェイズ』『メインフェイズ』『アタックフェイズ』の４つのフェイズによって構成されています（場合によっては『ターン開始フェイズ』が追加されます） 詳しくは公式サイトのルール説明ページを参照していただきたいのですが、以下に各フェイズの簡単な流れを説明します。
ターン開始フェイズ
このフェイズは基本的にはスキップされ、サイレントスキルを持つクリーチャーや《海底鬼面城》など一部のカードの効果により、ドローフェイズの前に出現します。
各カードによって指定された効果の処理を行います。
ドローフェイズ
山札から１枚引きます。ただし、先攻は１ターン目にはドローすることができません。
自分の意志でドローをパスすることはできませんので、必ずドローしてください。ドローを忘れた場合は、相手が注意して、メインフェイズでドローさせてください。
マナチャージフェイズ
手札からマナゾーンに１枚カードを出します。出せるカードが無い、またはあっても出したくない場合は出さなくても構いません。
このフェイズではマナゾーン以外にカードを移動させることはできません。
メインフェイズ
マナをタップして、クリーチャーを召喚したり、呪文を使う、クロスギアをジェネレートするなど様々な行動を行います。
カードをバトルゾーンに出す前には、必ずマナゾーンのカードを必要な数タップしてください。
呪文は使い切りなので、使った後は『墓地へ』『移動』してください。チャージャーの場合は『マナゾーンへ』『移動』してください。
タップ／アンタップ
カードのタップ／アンタップはカードを直接クリックすることで行えます。複数のカードのチェックボックスにチェックを入れ、それらのうちどれか１枚のカードをクリックすることで、カードをまとめてタップ／アンタップすることもできます。
アタックフェイズ
攻撃に関する行動を行います。
『アタック』ボタンを押すと、攻撃するクリーチャーを決定するよう指示されますので、攻撃するクリーチャーのラジオボタンにチェックして『決定』ボタンを押します。
この時、もともと持っている能力以外で『ブロックされない』または各種ブレイカーの能力をクリーチャーが得ていた場合、『ブロックされない』場合はチェックボックスにチェックをし、各種ブレイカーの場合はセレクトメニューで選択してから『決定』ボタンを押して下さい。もともとその能力をクリーチャーが持っていた場合は、最初からチェックされた状態で表示されますが、能力のチェックを外してしまったり選択メニューを変えてしまうと能力を使うことができないので注意してください。
次に、攻撃対象を決定します。『プレイヤー』『クリーチャー』の選択肢が表示されますので、攻撃したい方を選んでください。『クリーチャー』を選んだ場合は、更にどのクリーチャーを攻撃するかと指示されますので、対象のクリーチャーを選択してください。
攻撃したクリーチャーがメテオバーンを持っており、なおかつそのクリーチャーの下にカードが存在する場合、『メテオバーンを使いますか？』と訊かれます。『はい』を押すと『墓地に置くカードを選んでください』と訊かれますので、ラジオボタンで選択して『決定』ボタンを押します。
また、攻撃したクリーチャーがアタックトリガーを持っていた場合、一時的にバトルの処理を中断してアタックトリガーの効果を行います。その場合、フィールドに『アタックトリガーの処理を終了しますか？ はい／いいえ』のボタンが表示されますので、『はい』を押すと、バトルの処理を続行します。
相手が手札を持っていた場合、『ニンジャ・ストライク』のチェックを行う為、相手の手札に『ニンジャ・ストライク』を持っているクリーチャーがいる、いないに関わらず、一時的に相手に優先権が移動します。
また、『ブロックされない』能力を持たないクリーチャーが攻撃し、相手にブロック可能なブロッカーがいた場合は、その後ブロックの行動選択が行われます。ブロッカーの選択フィールドが画面上に表示されますので、ブロックするクリーチャーを選択して『する』を押すと、ブロックを実行します。『しない』ボタンを押すと、ブロックをキャンセルすることができます。
もともと持っている能力以外で『ブロッカー』の能力を得た場合、カード内に表示されている『ブロッカー』のチェックボックスをチェックすることによって、ブロッカーの能力を得ることができます。能力が無くなった場合は、チェックを外すことによってブロッカーの能力をOFFにすることができます。もともとブロッカーを持っているクリーチャーは最初からチェックされた状態で表示されますが、チェックを外してしまうと、ブロッカーの能力が失われてしまうので注意してください。
ブロックされなかった場合、対象で『プレイヤー』を選んでいた場合は破壊するシールドを選択します。『クリーチャー』を選んでいた場合は自動的にバトル処理となります。
『神拳の超人』など、ブロックされた場合またはブロックされなかった場合に発動する能力を持っているクリーチャーの攻撃がブロックされた（されなかった）場合、一時的にバトルの処理を中断して、それらの効果を行います。フィールドに『処理を終了しますか？ はい／いいえ』のボタンが表示されますので、『はい』を押すと、バトルの処理を続行します。
攻撃によってシールドが破壊されると、ＳトリガーやＳバックの有無にかかわらず、操作の優先権が相手プレイヤーに移動します。Ｓトリガー等が無かった場合は、『バトルを続行しますか？』というボタンが表示されますので、確認後『はい』を押してください。『はい』を押さないと、いつまで経っても操作の優先権が攻撃側に戻りませんので注意してください。
Ｓトリガー（ストライクバック）があった場合、使うカードを選択して『使う』ボタンを押すと、自動的にそのカードがバトル場に出されますので、呪文もしくはクリーチャーがバトルゾーンに出た時に発生する効果の処理を行ってください。その際、『シールド・トリガー（ストライク・バック）の処理を終了しますか？』という選択フィールドが表示されますので、処理を終了するときには必ず『終了する』のボタンを押してください。
この時、場に出された呪文は墓地へと移動しません。『終了する』のボタンを押す前に必ず呪文を墓地へと移動してください。移動するのを忘れてしまった場合は、相手に移動してもらうか、次の自分のターンになった時に移動するようにしてください。
投了
どうしても相手に勝てそうにない場合、発言フォームにある『投了』ボタンを押すと、自分の負けを宣言して、デュエルを途中で終了することができます。投了した場合、自分の負けとして戦績がプレイヤーデータに記録されます。
デュエルの終了
どちらかが相手に直接攻撃を当てるか、どちらかの山札が０になるか、投了するとゲーム終了となり、戦績がプレイヤーデータに記録されます。
もう一度対戦する
ゲームが終了すると操作パネルに「もう一度対戦する」というボタンが表示されます。このボタンを押せば相手に再戦を申し込むことができます。（一人回し部屋の場合はボタンを押せば自動的に再戦が開始されます）
再戦が断られてしまった場合、両方のプレイヤーが自動的に退室となります。
対戦の心得
退室する場合は、「退室」ボタンを押してください。
双方のプレイヤーが５分間アクセスしなければ、未使用状態に戻されます。
途中でブラウザが落ちた場合、５分以内なら「様子を見る」から入ればゲームに復帰できます。
５分間アクセスがなかった場合、残った側のプレイヤーに「強制退室させますか？」というダイアログが表示されます。
「いいえ」を選べばもう５分待つことができます。「はい」を選んだ場合、アクセスの無いプレイヤーは強制退室となり、「敗北」として記録されます。
このCGIにはアンドゥ機能はありません。操作ミスなどがあった場合、その旨を相手にはっきりと伝えた上で、手動で元の状態に戻して下さい。『フェイズ移動』以外のほとんどの機能は、手動で元に戻すことが可能です。
あまりにひどいプレイを続けた場合、管理者はそのIDのプレイヤーを対戦禁止にすることができます。お互い正しいマナーでプレイするようにしましょう。
TIPS（というか機能説明追加）
進化クリーチャーと進化元クリーチャーを同時に山札に戻す場合の、順番を選ぶ処理に対応しています。現時点でのルールに基づき、クリーチャーを進化させた側に選択フィールドが表示されるようになっています。
進化クリーチャーのみを移動する処理に対応しています。その場合、進化クリーチャーがいなくなったフィールドには、自動的に進化元のクリーチャーが表示されるようになっています。この処理に対応しているため、進化クリーチャーを移動すれば自動的に進化元もついてくる、という風にはなっていませんので、進化元のクリーチャーにもチェックしてから移動するようにしてください。また、進化クリーチャーだけが移動した時、そのクリーチャーがタップされていた場合、進化元のクリーチャーはタップされたままです。これは2004年３月時の公式ルールに準拠したものです。
『スリリングスリー』の能力は独立しては作ってありません。『枚数を指定して』『めくる』で『めくった後山札に戻す』をチェックし、山札の一番下に戻した後、指定種族の出た枚数に応じて処理を行ってください。
『ジャンケン軍曹チョキバン』を投入したデッキを使用すると非常に容易に千日戦争を引き起こすことができますが、その場合『コーライル』の裁定に準じ、どちらかが退室して再試合を行ってください(^_^;) ちなみにこれはカードデザインの問題であって、CGIの責任ではありませんので、ご容赦ください。